Från Rilpedia

Transkriptionsfaktorer är en grupp proteiner som behövs för att en gen ska börja kopieras till RNA, alltså för att transkriptionen ska starta. Det finns två huvudsakliga klasser av transkriptionsfaktorer, generella och regulatoriska. De generella transkriptionsfaktorerna kallas TFIIA, TFIIB o.s.v., där TFII refererar till att de interagerar med RNA-polymeras II, som bygger allt mRNA i eukaryota celler. De kallas generella för att de alltid behövs vid transkription, oavsett vilken gen det gäller. De regulatoriska, eller specifika transkriptionsfaktorerna varierar från gen till gen.

Transkription med RNA-polymeras II initieras genom att transkriptionsfaktorn TFIID binder till en DNA-sekvens på promotorn som kallas TATA-box, som befinner sig omkring 25 baspar uppströms från genen som ska transkriberas och består av en repetitiv sekvens av adenin och tymin. Detta orsakar en förändring i DNA-strukturen som gör att fler transkriptionsfaktorer samt RNA-polymeras II kan bilda ett komplex vid TATA-boxen. Därefter kommer TFIIH med hjälp av ATP-hydrolys tvinga isär DNA-dubbelhelixen så att RNA-polymeras kan binda till DNA-strängen och påbörja transkriptionen. TFIIH kommer också att fosforylera RNA-polymeras II så att dess konformation förändras vilket gör att den kan dissociera från komplexet men fortfarande vara bunden till DNA-strängen, så att hela genen kan transkriberas. Fosforyleringen bidrar även till att proteiner som ska processa RNA efter transkriptionen kan binda till polymeraset.

Regulatoriska transkriptionsfaktorer binder oftast till DNA-helixen uppströms från genen de reglerar, men kan även binda nedströms. Transkriptionsfaktorerna kan vara antingen hämmande och kallas då repressorer, ellen stimulerande och kallas då aktivatorer. DNA-skvenser där aktivatorer binder kallas enhancers, medan de sekvenser till vilka repressorerna binder kallas silencers. Avståndet från en regulatorisk transkriptionsfaktor till genen kan vara väldigt stort, upp till flera tusen baspar. För att kunna interagera med de generella transkriptionsfaktorerna på promotorn sker en veckning av DNA-kedjan. Ofta används ett stort protein kallat mediator som mellanhand. Detta gör en sammanvägning av olika aktivatorers och repressorers signaler för att avgöra om genen ska transkriberas. Vissa transkriptionsfaktorer kan på så vis reglera identiteten hos celler i ett embryo av en flercellig organism och därmed identiteten hos hela organ. Viktiga regulatoriska transkriptionsfaktorer är Hox-generna och MADS-box generna.